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[IT뉴스][혼돈의 출연연] PBS 폐지가 낳은 '전략연구사업'…"창의 연구 아닌 상용화 중심?"

온카뱅크관리자

2026-04-20 06:07:31

<div id="layerTranslateNotice" style="display:none;"></div> 현장과 제도간 '시차'가 낳은 혼란 
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 <img alt="PBS 폐지 후속으로 도입된 전략연구사업이 준비 기간 없이 시작되면서 현장 혼란이 빚어지고 있다. 제도를 총괄하는 NST 전략연구지원단도 올해 2월 신설된 조직이라 규정·가이드라인 마련이 현장 적용을 따라가지 못하는 과도기적 상황이다. 게티이미지뱅크 제공 " class="thumb_g_article" data-org-src="https://t1.daumcdn.net/news/202604/20/dongascience/20260420060134495ytmk.jpg" data-org-width="680" dmcf-mid="fJmPSQYCLC" dmcf-mtype="image" height="auto" src="https://img2.daumcdn.net/thumb/R658x0.q70/?fname=https://t1.daumcdn.net/news/202604/20/dongascience/20260420060134495ytmk.jpg" width="658">
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 PBS 폐지 후속으로 도입된 전략연구사업이 준비 기간 없이 시작되면서 현장 혼란이 빚어지고 있다. 제도를 총괄하는 NST 전략연구지원단도 올해 2월 신설된 조직이라 규정·가이드라인 마련이 현장 적용을 따라가지 못하는 과도기적 상황이다. 게티이미지뱅크 제공 
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 [편집자주] 이재명 정부 들어 과학기술 분야 정부출연연구기관(출연연)을 둘러싼 정책과 대내외 환경이 급변하고 있다. 30여년간 출연연을 옥죈다는 평가를 받던 연구과제중심제도(PBS)가 폐지됐다. 많게는 절반 이상의 연구자 인건비를 충당했던 PBS가 사라진 자리에는 출연연마다 판을 새롭게 짜야 하는 과제가 놓여있다. 기관평가제도 변경, 행정통합 등 변화의 소용돌이 속에서 행정직과 연구직의 갈등 양상도 예사롭지 않게 전개되고 있다. 혼돈의 시기 출연연 현장의 이야기를 들어보고 변화를 살펴보며 방향을 짚어봤다.
 연구과제중심제도(PBS) 단계적 폐지의 후속 정책으로 도입된 전략연구사업이 과도기를 지나고 있다. 전략연구사업은 국가 임무 중심의 중장기·대형 연구로 국가과학기술연구회(NST)가 심의·지원하는 구조다.
 PBS는 출연연 연구자가 외부 R&amp;D 과제를 수주해 인건비와 연구비를 충당하는 제도다. 출연금 비율이 낮은 기관의 연구자가 인건비 마련을 위해 소액 단기 과제 수주에 집중하게 되고 행정 업무 부담도 커지면서 기업이 하기 어려운 미래 지향적 연구라는 출연연 본연의 역할에서 멀어진다는 비판이 이어져 왔다. 
 정부가 내놓은 전략연구사업은 외부수탁 R&amp;D 과제를 5년간 전략연구사업으로 재편해 인건비를 전액 기관 출연금에서 충당하도록 하겠다는 의도다. PBS가 완전히 폐지되는 2030년 이후에는 인건비와 과제를 완전히 분리하는 것이 목표다.
 그러나 충분한 준비 과정이 생략된 채 PBS 폐지가 갑작스럽게 결정되면서 후속 사업인 전략연구사업도 준비 기간 없이 시작됐다. 운영 기준이 완비되기 전에 현장 적용이 먼저 이뤄지면서 출연연 곳곳에서 혼란이 빚어지고 있다.
 준비 과정에서 불거질 논란을 다 정리한 뒤 PBS를 폐지하는 것보다 PBS 폐지를 결정하고 폐지에 따른 논의와 절차들을 정해나가는 게 더 일리가 있다는 의견도 있다. 지난 십수년간 PBS 폐지가 거론됐지만 어느 정부에서도 과감하게 폐지하지 못한 채 논의가 지지부진했기 때문이다. 그런 측면에서 현재 제도와 현장의 혼란은 어쩌면 불가피한 것이라는 시각이다. 
 ● 2026년 사업, 급하게 시작된 첫해…"상용화에 초점 맞추는 게 맞나"
 올해 진행 중인 전략연구사업은 지난해 PBS 폐지가 갑작스럽게 결정되면서 준비할 시간이 부족한 채 시작됐다. 과제 기간은 5년으로 기초·원천기술 확보와 상용화를 아우르는 목표로 설정됐다.
 NST 전략연구지원단 관계자는 "PBS 폐지 정책이 갑자기 결정되면서 재정경제부 차원에서 열흘 만에 예산 요구서를 제출하라는 식으로 급하게 진행됐다"고 설명했다.
 한 출연연 관계자는 "PBS 폐지에 대한 준비가 없는 상태에서 당장 26년 사업을 준비해야 했다"며 "매년 다음 연도 예산에 신규로 예산을 요구하기 위해 준비하던 사업을 급하게 전략연구사업으로 전환해서 제출했다"고 말했다.
 다른 출연연 관계자는 "출연연의 고유 미션은 기업이 할 수 없는 미래 지향적 연구를 하는 것인데 올해 사업은 기업이 현장에서 쓸 수 있는 연구 중심으로 틀이 맞춰져 있다"며 출연연 역할과 맞지 않는다고 지적했다.
 이어 “기술 성숙도가 높아 산업계와 연계가 비교적 수월한 기관도 있지만 기초·원천 연구 지향 기관들은 단기간에 상용화 성과를 내기 어려운 기관도 있다”고 덧붙였다.
 ● 27년 사업, 첫 수요조사 도입…새 프로세스에 현장 적응 진통
 2027년 사업부터는 정부·산업계 수요를 기반으로 출연연이 기획해 추진하는 방식으로 바뀌었다.
 NST에 따르면 정부 부처와 산업계가 수요를 제출하고 각 부처가 이를 취합해 과학기술정보통신부로 전달하는 방식으로 진행중인 것으로 알려졌다. 350여 건의 수요가 접수됐고 이를 바탕으로 출연연이 과제를 기획해 제안서를 제출했다. 140~150개 가량의 제안서가 접수됐으며 과학기술혁신본부가 사전 컨설팅을 한 뒤 NST 전문가 심의로 이어진다.
 다만 수요조사 과정이 원활하지 않았다는 게 현장의 지적이다. 기관에 맞는 수요가 없으면 과제를 따지 못할 수 있다는 우려 때문에 일부 기관은 자체적으로 수요를 기획한 뒤 부처를 찾아다니며 "이걸 수요로 제출해 달라"고 요청하기도 했다. 
 NST 관계자는 "부처가 출연연에 수요 정리를 요청하는 경우도 있고 출연연이 먼저 부처에 제안하는 경우도 있어 쌍방향으로 이뤄지는 부분이 있다"고 설명했다.
 기관마다 대응 방식도 달랐다. 한 출연연 관계자는 "적극적으로 먼저 움직인 기관이 있는 반면 그렇지 못한 곳은 제안서 제출이 늦거나 적은 것으로 안다"며 "어느 기관과 협력해야 하는지 수요를 기다려야 하는지 직접 나서야 하는지 현장에서 혼란이 있었다"고 전했다.
 현장에서 가장 크게 호소하는 어려움은 운영 기준의 부재다. 출연연 관계자는 "전략연구사업을 기본사업처럼 운영해야 하는지 기존 PBS처럼 운영해야 하는지 기관 내부에서 혼란이 있다"며 "운영 가이드라인을 빨리 달라고 요구하고 있지만 아직 받지 못했다"고 말했다. 
 이에 대해 NST 관계자는 "올해 2월 말 기관들의 질의를 취합해 Q&amp;A 형태로 정리·공유했고 기관 문의에는 개별 대응하고 있다"고 밝혔다. 다만 "사업이 출범한 지 얼마 되지 않아 운영하면서 프로세스를 잡아가는 과도기"라며 "상반기 내 규정과 운영 총안을 1차 정리하는 것이 목표"라고 덧붙였다.
 복수 기관이 함께 수행하는 융합형 과제의 경우도 마찬가지다. 출연연 관계자는 "다른 기관에서 누가 무엇을 하는지 몰라 연구자 개인이 직접 알아보고 '같이 해보자'고 제안하는 상황"이라고 말했다. 
 이어 "NST나 과학기술정보통신부에서 어떤 사업이 중요한지 판단해주고 단독·협력 과제를 정리해줄 거라 생각했는데 기관 보고 알아서 순위를 정하라는 식"이라고 덧붙였다.
 출연연 현장에서는 기관 간 협력 구조 조율과 전략연구사업 운영 전반을 NST 전략연구지원단이 담당해야 한다고 보고 있다. 하지만 전략연구지원단은 올해 2월에 신설된 조직이다. 실제로 2027년 사업을 위한 수요조사는 전략연구지원단이 공식 출범하기도 전인 지난해 12월 중순부터 올해 1월 중순까지 약 한 달간 진행됐다. 
 NST 관계자는 "조직이 새로 만들어진 만큼 아직 프로세스와 시스템을 개선·보완해야 할 부분이 많다"며 "출연금 지원 및 관리 방법 등 세부 사항도 현장 의견을 들으면서 계속 다듬어 나가야 하는 과도기적 단계"라고 설명했다. 
 이 관계자는 "수요는 개별 과제가 아니라 기관의 임무(미션)를 의미하는 것인데 연구자들과 부처 공무원들 사이에서 두 개념의 구분이 명확하지 않아 혼란이 생기고 있다"며 "조직도 갖춰지지 않은 상태에서 공식 예산 시작 전에 급하게 수요조사를 진행하다 보니 임무와 과제의 개념을 충분히 정리하지 못한 채 현장에 전달됐다"고 설명했다. 
 이어 "임무의 개념을 먼저 정의하고 이를 담을 수 있는 템플릿을 부처와 함께 논의해 정리할 계획"이라고 밝혔다.
 NST는 전략연구사업의 전 주기 운영 방향을 내부적으로 정리하고 있다. 수요 발굴부터 과제 기획, 예산 요구, 전문가 심의, NST 이사회 의결, 부처 예산 요구, 과학기술혁신본부 심의, 재정경제부 예산 편성, 국회 심의, 과제 수행, 평가로 이어지는 구조다.
 예를 들어 2028년 과제라면 2026년 10~11월 정부·산업계로부터 임무 수준의 수요를 확인하고 이를 출연연에 공유한다. 출연연은 협력 기관과 논의해 과제를 기획하고 2027년 3월 NST에 예산 요구서를 제출한다. 전문가 심의와 NST 이사회 의결을 거쳐 주무 부처로 예산 요구가 전달되고 과학기술혁신본부 심의와 재정경제부 예산 편성을 거쳐 국회로 넘어간다. 국회 심의를 마치면 2027년 11월 예산이 최종 확정된다.
 과제 수행 단계에서는 연구자가 직접 평가 일정을 설정할 수 있다. 5년짜리 과제라면 3년 차와 5년 차, 혹은 2년 차와 5년 차에 단계 평가와 최종 평가를 받는 식이다. 단계 평가와 최종 평가는 NST가 담당한다.
 다만 이 구조는 아직 확정된 것이 아니다. NST 관계자는 "현재 내용이 계속 변동 중이라 문서로 제공하기까지 시간이 필요하다"고 밝혔다. 
 ● 인건비 공백 우려…기관마다 상황 달라
 정부는 전략연구사업 도입으로 PBS 폐지에 따른 재원 공백이 없다는 입장이다. NST에 따르면 소관 기관 전체의 출연금 비중은 2025년 37.8%에서 2026년 40.7%로 높아졌다. 총출연금은 약 1조9736억원에서 2조2810억원으로 3000억원 이상 늘었다. NST 관계자는 "당초 조사된 정부수탁 종료 규모보다 출연금 전략연구사업이 더 반영됐다"고 밝혔다.
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 <img alt="NST 소관 연구기관별 총예산 대비 출연금 비중(2025, 2026년 비교). NST 각 연도별 사업계획 및 예산(안) 수립 기준" class="thumb_g_article" data-org-src="https://t1.daumcdn.net/news/202604/20/dongascience/20260420060135792oagc.png" data-org-width="680" dmcf-mid="4yJpNUEoRI" dmcf-mtype="image" height="auto" src="https://img3.daumcdn.net/thumb/R658x0.q70/?fname=https://t1.daumcdn.net/news/202604/20/dongascience/20260420060135792oagc.png" width="658">
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 NST 소관 연구기관별 총예산 대비 출연금 비중(2025, 2026년 비교). NST 각 연도별 사업계획 및 예산(안) 수립 기준
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 그러나 총량이 늘었더라도 기관별 체감은 다를 수 있다. 기관마다 출연금 의존도가 크게 다르기 때문이다. 한국전자통신연구원(ETRI)은 총예산 7340억원 중 출연금 비중이 23.4%에 그치고 한국원자력연구원 22.8%, 한국재료연구원 30.8%, 한국핵융합에너지연구원 31.7%도 비슷하다. 
 반면 한국한의학연구원 82.9%, 세계김치연구소 83.7% 등은 출연금 비중이 높아 수탁 의존도 자체가 낮다. 수탁 재원에 많이 의존해온 기관일수록 전략연구사업 예산을 충분히 확보하지 못할 경우 재정 충격이 클 수밖에 없는 구조다.
 출연금 비중이 작은 한 출연연 관계자는 "작년에 PBS로 일몰된 사업비를 전략연구사업으로 전액 가져오지는 못했다"며 "올해도 다 확보할 수 있을지 반신반의한 상태"라고 말했다.
 예산 배분의 쏠림 문제도 제기된다. 한 출연연 관계자는 "AI·양자·첨단 바이오 등 국가 전략기술 분야에 예산이 몰릴 수밖에 없는데 모든 출연연이 같은 분야를 하는 게 아니다"며 "부각받는 분야에 예산이 쏠리면 다른 기관은 상대적으로 불리해질 수밖에 없다"고 말했다.
 출연금으로 보장하는 인건비는 정규직 기준이다. 박사후연구원이나 계약직 등 비정규 연구 인력의 인건비는 연구직접비에서 별도로 충당되는 구조여서 수탁 재원이 줄면 비정규 연구 인력 고용 재원도 함께 줄어드는 문제가 있다. 한 출연연 관계자는 "비정규직 인건비 비중이 커지면 실제 연구에 쓸 수 있는 직접비가 줄어드는 구조"라고 설명했다.
 전략연구사업에 들어가지 못하는 연구자 문제도 있다. 과제 규모가 크더라도 참여할 수 있는 인력은 제한적이기 때문이다. 다른 출연연 관계자는 "같은 예산이라도 투입 인력은 절반이 될 수도 있다"며 "전략연구사업에 들어가지 못한 연구자는 결국 민간 수탁이나 지자체 사업으로 인건비를 채워야 하는 구조가 될 수 있다"고 말했다.
 NST 관계자는 인건비 충당 우려에 대해 "현 정부 PBS 개선 정책의 1차 목표가 안정적인 인건비 제공인 만큼 5년 내에 인건비 문제는 해결될 것으로 판단하고 있다"면서도 "NST가 직접 결정하는 주체가 아닌 만큼 단정 짓기는 어렵다"고 덧붙였다.
 ● 방향엔 공감, 속도엔 우려…제도와 현장의 간극
 제도 전환의 방향성 자체에 반대하는 목소리는 많지 않다. 한 출연연 관계자는 "PBS 체제에서는 연구자 혼자 과제를 따서 본인 연구만 하면 됐는데 이제는 기관 차원에서 전략적으로 자원을 배분하고 방향을 잡을 수 있게 됐다"며 "그 기대만큼 제도도 따라가길 바란다"고 말했다.
 다만 제도가 정비되기를 기다리는 동안에도 연구 현장은 지금 이 순간에도 돌아가고 있다. 또다른 출연연 관계자는 "그때그때 즉흥적으로 진행되는 느낌"이라며 "최소한 앞으로의 프로세스를 명확하게 정리해서 공유해줬으면 한다"고 말했다.
 출연연 관계자는 "방향 자체는 괜찮다고 본다"면서도 "충분한 논의와 연구 현장과의 소통 없이 진행되고 있는 게 가장 큰 문제"라고 말했다.
 NST 관계자는 "PBS는 연구책임자 단위의 사업 시스템이었는데 전략연구사업은 기관 단위의 연구가 되는 것"이라며 "기관장이나 경영진의 재량이 늘어나는 대신 연구책임자의 재량은 줄어드는 구조"라고 설명했다. 그러면서 "전략연구사업이 잘 자리잡을 수 있도록 현장 의견을 들으면서 계속 보완해 나가겠다"고 밝혔다.
 [조가현 기자,임정우 기자 gahyun@donga.com,jjwl@donga.com]
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